Significado
Se emplea esta expresión cuando algo tiene mal aspecto o cuando una situación da la impresión de que va a concluir de forma negativa.
Ejemplo
Me da muy mala espina que Juan lleve casi un mes sin llamarme. Seguro que le ha pasado algo.
Origen
La espina, empleada en sentido figurado, es muchas veces sinónimo de pena, desazón o tormento, posiblemente debido a la iconografía religiosa, que nos presenta en no pocas representaciones la espina o la corona de espinas como símbolo del sufrimiento: tiene una espina clavada en el corazón, ha conseguido sacarse la espina.
Por eso la expresión que nos ocupa ha de interpretarse como «tener pensamientos negativos».