Significado
Con el verbo estar, la expresión indica que alguien goza de una perfecta salud.
Ejemplo
El abuelo tiene noventa y tantos años, pero está como un reloj, el tío.
Origen
Si se emplea con los verbos del tipo «funcionar», damos a entender que algo o alguien posee exactitud o perfección en su funcionamiento o forma de comportarse.
Este coche nunca me ha dado ningún problema. Va como un reloj.
En ambos casos se toma al reloj como paradigma de exactitud y perfección en su funcionamiento.
A veces, incluso, se da una vuelta más de tuerca en la perfección acudiendo al tópico referido al origen de la máquina: como un reloj suizo.