Significado
Entre una cosa y otra. Por un motivo o por el otro.
Ejemplo
Tenía que comprar muy pocas cosas en el supermercado, pero entre pitos y flautas me he gastado más de diez mil pesetas.
Origen
El origen de la expresión es muy oscuro, pero es posible que sea parte de algún dicho o refrán más largo que aludiera a las molestias causadas por la música en las fiestas populares.